Вычеты НДС производятся на основании: 

• счетов-фактур, выставленных продавцами при реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав;
• документов, подтверждающих фактическую уплату налога при ввозе товаров в Российскую Федерацию;
• документов, подтверждающих уплату налога, удержанного налоговыми агентами;
• иных документов в случаях, предусмотренных п. 3, 6-8 ст. 171 НК РФ.

Последние положения предусматривают порядок вычета сумм НДС, уплаченных налоговым агентом непосредственно в бюджет, а также перечисленных сотрудниками организации в составе командировочных и представительских расходов. При этом особенности их вычета для товаров (работ, услуг), имущественных прав, приобретенных за наличный расчет, НК РФ не предусмотрены.

Для случая, когда сотрудник компании прошел тестирование на COVID-19, оплатил его наличными и получил чек, где сумма НДС выделена отдельной строкой. Если к нему не прилагается счет-фактура за эту услугу, то такой НДС к вычету не принимается.

Такие разъяснения опубликованы на сайте ФНС.

Бухгалтерия.ру.