Индивидуальные предприниматели должны вести регистры по учету заработной платы. 

Как рассказала заместитель начальника отдела по ведению бухгалтерского и налогового учета Аудиторско-консалтинговой группы «Уральский союз» Раиса Цветкова на прошедшей 10 декабря 2012 года онлайн-конференции, индивидуальные предприниматели могут не вести бухгалтерский учет, в том случае если они ведут учет доходов и расходов в соответствии с действующим законодательством о налогах и сборах.

Ст. 34 Федерального закона «О страховых взносах в Пенсионный фонд РФ, Фонд социального страхования РФ, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования» №212-ФЗ указано, что при проведении камеральной проверки плательщик страховых взносов может предоставить выписки из регистров бухгалтерского учета и (или) иные документы для пояснения информации о начисленных и уплаченных страховых взносах. Такими (иными) документами могут быть карточки индивидуального учета сумм начисленных выплат и иных вознаграждений и сумм начисленных страховых взносов.

Таким образом, индивидуальный предприниматель должен вести регистры налогового учета, в котором будут отражены его расходы по начисленной заработной плате и страховым взносам.